清湖小学为明末清初的清湖村元珠私塾，先后培养了廖继祖、廖马留等历史名人。
1950年，清湖村民在中国共产党的领导下，在廖氏宗祠办起了现代学校，附设初中（1969年9月开办，1973年7月取消）。
随着改革开放的深入，办学规模不断壮大，1984年在廖氏宗祠旁建新校舍办学，更名为清湖学校。
1997年，清湖村委捐出自己新建的办公楼办学（现址），更名清湖小学。2004年后不断扩建，目前占地面积23439平方米，建筑面积21858平方米。至2021年学校规模已达63个教学班，容纳3000余名学生和300余名教职工，是龙华区规模最大的纯小学（2020年9月接管清湖小学附属幼儿园、清湖小学附属花蕾幼儿园、清湖小学附属天玑幼儿园及清湖小学附属澜园幼儿园）。2016年以来，清湖小学紧紧围绕“清明育人”的办学理念、积极推进“三全”素质教育模式（全体学生、全部学科并重、每一学科的全部核心素养兼备），在教学质量、教科研成果、师生各级各类比赛等方面取得了跨越式的进步。引领教师承担国家、省、市、区级课题37余项；师生在各级各类比赛中获奖2537人次。2020年12月，清湖小学在深圳市义务教育阶段办学水平评估回访活动中，学生、教师、家长满意度均为100%，学生、家长对学校“三风一训”知晓率100%，教师对学校班子满意度100%，对学校管理的满意度100%，100%的教师认为学校各项制度和管理是有效的。清湖小学真正成为了人民满意的学校。2017年，学校被评为广东省校园足球推广学校、全国校园足球特色学校。2020年，学校入选龙华区首批“馆校合作”美育研学实践基地学校。2021年，学校被认定为第二批广东省中小学中华优秀文化传承学校。几年来，清湖小学已迈上内涵化、特色化、优质化的发展之路。
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