典型案例揭示中医药企业常见税务风险

2025年11月27日更新

安徽亳州是“中华药都”，目前有8000多家中医药企业，还握着全国独一份的中药材检验检测中心、中药材技术性贸易措施研究评议基地。2024年的数据更实在——中药材种了127.1万亩，产值47.64亿元，其中标准化种植50.07万亩，涨了8.52%；现代中医药产业规模破210...

安徽亳州是“中华药都”，目前有8000多家中医药企业，还握着全国独一份的中药材检验检测中心、中药材技术性贸易措施研究评议基地。2024年的数据更实在——中药材种了127.1万亩，产值47.64亿元，其中标准化种植50.07万亩，涨了8.52%；现代中医药产业规模破2100亿，到2102.6亿元，增速11.9%；规上医药制造业产值502亿元，也涨了10.9%。

产业跑得越快，税务风险越得盯着。亳州市税务局专门组了个服务中医药产业的工作专班，印了本《支持中医药产业高质量发展税费优惠政策指引》，一边提醒风险，一边梳理了一堆典型案例——刚好给同行提个醒。

先说说中药材种植企业的“高频坑”——免税发票开不对。A公司是做中草药种植销售的一般纳税人，卖自己种的亳白芍，觉得是自产农产品能开免税发票，财税员直接选了“税率零”。结果客户拿到票没法在电子税务局勾选抵扣，问了12366才知道：没选“自产农产品销售”这个特定业务，下游根本没法抵。最后A公司只能红冲重开，加上“自产农产品销售”的字样才搞定。

税务部门怎么说？增值税暂行条例第十五条明明白白写了，农业生产者卖自产农产品免税；实施细则第三十五条把“农业、农业生产者、农产品”的范围划得清清楚楚，种中草药的卖自己种的，肯定能享这个优惠——2026年要施行的《增值税法》也没改这个规定。A公司其实是把“免税发票”和“零税率发票”搞混了。按照财税〔2017〕37号及后续文件，下游拿农产品销售发票或收购发票，是按买价乘9%算进项抵扣的——所以上游必须选“自产农产品销售”这个特定业务开票，下游才能抵。实务里还有更糟的：有的上游把免税票开成零税率，甚至有人注册假种植企业虚开发票。亳州税务部门已经在想办法：做了本《农产品税收护航政策汇编》，试了“基层村集体+基层税务分局”的“2+共治”模式，让合作组织建亩均产值清单，从根上压减涉农涉税风险。

再看中药材商贸企业——收购发票*容易“踩雷”。B公司是做中药材购销的一般纳税人，2025年给自然人甲某开了59张农产品收购发票，价税合计快650万。结果税务核查一查就露馅：发票金额和甲某的种植能力根本对不上，而且甲某其实是中间商，不是农业生产者。后果是什么？60多万进项税额得转出，成本不能税前扣除，还得让甲某重新开票。税务部门还盯上了它，给了个发票额度动态授信监管——相当于加了道“紧箍咒”。

这里得：发票管理办法说的明明白白，农产品收购发票是收购单位给农业生产者个人（注意，不含个体经营者）收自产免税农产品时，付款方开给收款方的。现在的增值税政策也规定，买农产品可以按收购发票或销售发票上的买价乘9%算进项抵扣（另有规定的除外）。实务里商贸企业的风险就两类：要么开错了——销售方是中间商，不是农业生产者，这时候得拿销售方开的票，不能自己开收购发票；要么虚开——业务根本没发生。亳州税务部门已经在找办法堵漏洞：和农业农村部门、107个村委会签了协同共治协议，2024年推动1020个农户加入合作社，合作社给618个农户开了3019笔自产农产品免税发票，金额超2400万——从源头把开票行为规范了。再提醒一句：虚开发票可不是小事，轻则没收违法所得、罚款，重则要负刑事责任。

中药饮片加工企业别以为进了“核定扣除试点”就能不用发票——C公司就是教训。C公司是做中药饮片加工的，属于增值税一般纳税人农产品核定扣除试点企业，2025年觉得“都核定了，不用要发票”，买农产品的时候压根没要票。结果税务排查一查就发现：进项发票数量和生产情况对不上。好在税务部门提示了，赶紧补开了发票才没捅大娄子。

税务部门的建议得记牢：根据财税〔2012〕38号附件1，试点纳税人买农产品不用按票面税额抵扣，按核定方法算可抵扣进项税——但企业所得税税前扣除得要合法有效的发票啊！税收征管法和发票管理办法都规定，购销活动得按规定拿发票。就算是核定扣除的纳税人，也得要发票（专用发票、收购发票、海关缴款书、普通发票都算），还得留着运输、质检、资金支付这些资料，证明交易是真的——不然核定指标偏高、虚构销售、虚开发票这些风险，早晚得找上你。

最后说说中成药制造企业——得防着“虚增服务费”。D公司是做中成药制造的一般纳税人，2024年销售收入6.3亿，取得的5.9亿发票里，好多是现代服务费、咨询服务费。税务排查一瞅就觉得不对：服务费太高了，明显是虚增销售费用。结果怎么样？补缴了90多万企业所得税和滞纳金，肉疼吧？

这里得提“两票制”——2016年12月26日医改办等8部门发的《关于在公立医疗机构药品采购中推行“两票制”的实施意见（试行）》，简单说就是药品从药厂到一级经销商开一次票，经销商到医院再开一次，减少中间环节。但“两票制”后，有些药企动起了歪心思：虚增“咨询费”“会议费”“推广费”这些服务费，想降低税负——可背后藏着资金回流、空壳公司这些问题啊！要知道，医药行业是多部门联合稽查的重点，建议企业赶紧自查：会议费、推广费、咨询费是不是真的？合不合理？资金流水对不对？再把内控和合规建设搞扎实，确保“三流一致”（资金流、发票流、货物流）——不然风险找上门，哭都来不及。